游戏的背景发生在未来，一个拥有无数克隆体的准宗教狂热组织正在寻找有无限资源的净土。你和朋友将成为被选召之人结成队伍，驾驶有史以来最先进的飞船勇闯虚空。游戏的类型为肉鸽闯关，也就是每一次关卡的生成都是随机的。关卡类型不同，完成的方式也不同。比如在搜刮关卡需要我们打爆太空中的箱子拿回指定物品，而下载关卡需要在恢复电站的同时，保护数据传输不被敌人打断，类似于塔防。
每个关卡的成功与否不仅要看对关卡的熟练程度，还有成员之间的配合。目前虚空航船最多支持六人游玩，职业有四种。它们分别是火炮手、领航员、工程师和拾荒者。炮手主要操控武器系统，优先歼灭高威胁目标，比如轰炸机、炸弹、召唤师等，确保飞船的安全。领航员是团队的核心，既要掌舵飞船在枪林弹雨中为炮手提供合适的射击角度，又要向队友通报战场态势，战斗结束后还需要操控吸管回收战利品。
工程师相当于飞船的维修工人，既要抢救飞船内外的故障，维持生命系统的运转，还要为引擎充能提速，偶尔还要客串个搬运工。拾荒者是团队的万能补丁，在舱外负责搜刮资源运送物资，回船后就要化身工程师的助手，修理、搬运、充能，可以说是哪里需要哪里搬。从游戏的实际体验来看，三到四人组队是最理想的配置。这样的组合既能保证明确分工，又能让游戏的节奏流畅自如。
特别是当领航员和炮手这两个关键位置的玩家操作熟练时，整场战斗就会变得行云流水。不过要是四个大聪明凑一堆，那画风就会急转直下，甚至就连一些小事也会变得复杂起来。就拿进出舱来说，正常出舱要先打开进舱门进入气压仓，穿好喷气背包后再关闭进舱门降低气压再打开出舱门。就算不小心按错了顺序，安全栓也会阻止你按下错误的按钮。
但人一多都挤在门口就不一样了，每个人都按不同的按钮，慌乱之中安全栓也就变成了危险栓。最后就是想进门的被高压弹飞，想出门的又卡在门口。好不容易都调整好了，扭头一看后面的人又卡在门里了。总之在虚空航船里，最大的敌人可能不是外星生物，而是你的队友。
